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发短信轨迹查询是否违法，需要根据具体情况而定。

如果是运营商基于提供服务所留下的短信记录，这种记录是服务提供者履行其服务义务的必要记录，不构成侵犯隐私权的问题，如果未经本人同意或无法证明短信轨迹查询的合法性，擅自查询他人短信轨迹的行为可能侵犯隐私权，属于违法行为，如果利用短信轨迹查询进行非法活动，如传播违法信息、诈骗等，则可能涉及刑事犯罪，在查询短信轨迹时，必须遵守相关法律法规，确保合法性和正当性。

仅供参考，建议咨询专业的法律人士以获得更准确的建议。